1986-1999年，新疆维吾尔自治区药品监督管理职能在自治区卫生厅药政管理局（处级）。药品生产、流通管理职能在新疆维吾尔自治区医药管理局（医药总公司）。

1998年8月，国家根据全国药品安全监督管理形势的需求，为进一步加强药品安全监督管理，在大幅度精简机构的情况下，组建了国家药品监督管理局。卫生部药政管理局药品管理职能、国家医药管理局药品生产、流通管理职能，移交国家药品监督管理局。

2000年初，自治区党委、政府根据国务院批转《国家药品监督管理体制改革方案的通知》，决定成立自治区药品监督管理局，专门成立以自治区副主席阿不都热依木•阿吉伊明为组长的自治区药品监督管理体制改革领导小组。2月14日，自治区药品监督管理体制改革小组召开会议，传达贯彻自治区党委《关于研究自治区药品监督管理体制改革工作会议纪要》精神，就自治区药品监督管理局职能设置、内设机构、人员编制、办公室场所、人员划转、资产移交的问题进行研究，确定自治区卫生厅药政处（局）10人、药品监督管理办公室4人成建制划转自治区药品监督管理局，自治区医药管理局20人划转自治区药品监督管理局。3月6日，自治区人民政府在政府会议室召开“药品监督管理体制改革暨药品监督管理局成立新闻发布会”，宣布新疆维吾尔自治区药品监督管理局正式成立，为自治区人民政府的工作部门。主要职责是领导省以下药品监督管理机构，履行法定的药品监督管理职能。自治区人民政府副主席吾甫尔•阿不都拉为新成立的自治区药品监督管理局颁发牌匾，国家药品监督管理局等部门发了贺信。自此，自治区药品监督管理局履行药品监督管理职能。9月1日，国务院根据食品发展和食品安全存在的问题，颁布《关于进一步加强食品安全工作的决定》。《决定》明确提出食品安全问题，并赋予食品药品监管部门负责对食品安全的综合监督、组织协调和依法组织查处重大事故的政府综合监督职能。

2005年3月29日，新疆维吾尔自治区食品药品监督管理局在自治区药品监督管理局的基础上组建，为自治区人民政府综合监督食品、保健品、化妆品安全管理和主管药品监管的直属机构，其职能除主管药品监管外，负责对自治区食品安全的综合监督、组织协调和依法组织查处重大事故。

同年9月，自治区人民政府成立自治区食品安全协调领导小组，组长：自治区副主席宋爱荣；副组长：自治区人民政府副秘书长俞贞贵、自治区食品药品监督管理局局长力提甫依明；成员：自治区食品药品监督管理局副局长付辉生、自治区发展和改革委员会副主任李建军、自治区经济贸易委员会副主任买买提•乌斯曼、自治区财政厅副厅长弯海川、自治区卫生厅副厅长王小燕、自治区畜牧厅副厅长巴特尔、自治区公安厅副厅长刘克勤、自治区工商行政管理局副局长李照坤、自治区质量技术监督局副局长成秉勇、新疆出入境检验检疫局副局长尔肯•吐尔逊、自治区环境保护局副局长井清河、自治区食品药品监督管理局兵团分局副局长王雨峰。

领导小组主要职责：贯彻落实国家和自治区食品安全监管的方针、政策；协调全区食品安全的实施工作；定期分析全区食品安全监管形势；协调全区食品放心工程和专项整顿活动的实施工作；协调处理食品安全重大事故；定期听取食品安全监管部门工作汇报，督导各部门食品安全监管责任的落实情况。领导小组办公室设在自治区食品药品监督管理局，负责领导小组日常事务等工作，办公室主任由付辉生兼任。

2010年2月20日，自治区人民政府根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》，将自治区食品药品监督管理局由原自治区人民政府直属机构调整为自治区卫生厅管理的部门管理机构（工作保持相对独立）。自治区人民政府将自治区食品药品监督管理局食品安全综合监督、组织协调和依法组织查处重大事故职责划给自治区卫生厅；将自治区卫生厅负责的餐饮业、食堂等餐饮服务许可及监管和保健食品、化妆品卫生监督管理职责，划入自治区食品药品监督管理局。

2013年11月15日，自治区党委、自治区人民政府根据国务院《关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见》（国发[2013]18号）的精神，决定对自治区食品药品监管体制进行改革：设立自治区食品药品监督管理局（正厅级）,为自治区人民政府直属机构，挂“新疆维吾尔自治区食品安全委员会办公室”牌子，对自治区食品药品实行统一监督管理。

2018年10月29日，根据中共中央、国务院批准的《新疆维吾尔自治区机构改革方案》（厅字〔2018〕110号）和自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅印发的《关于〈新疆维吾尔自治区机构改革〉的实施意见》（新党办发〔2018〕52号），自治区党委、政府决定组建新的自治区药品监督管理局，作为自治区市场监督管理局的部门管理机构。11月23日，自治区党委、政府宣布成立自治区药品监督管理局党组，撤销自治区食品药品监督管理局党组；11月29日，自治区药品监督管理局正式挂牌；12月29日，自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅印发《新疆维吾尔自治区药品监督管理局职能配置、内设机构和人员编制规定》（新党厅字〔2018〕183号）通知，自治区药品监督管理局是自治区市场监督管理局的部门管理机构，为副厅级。