新疆交通运输厅是自治区人民政府组成部门，共有12项职责，主要为：贯彻落实交通运输行业法律、法规、规章，起草有关地方性法规、政府规章草案和政策措施并监督实施；拟定公路、水路交通运输发展规划并监督实施；承担自治区道路、水路交通运输综合管理及其市场监管工作；指导地方海事工作；负责提出交通运输厅系统财政性资金安排意见并监督管理，协调交通建设资金的筹集；承担公路、水路建设市场监管工作，维护交通建设市场公平竞争秩序；负责国省道及管辖范围内专用公路的建设、养护、管理，依法保护公路路产路权；指导交通运输行业体制改革；负责交通运输行业安全生产的监督管理；制定交通运输行业科技政策，承担交通科技项目管理，组织重大交通科技项目攻关，指导交通运输行业信息化建设；监督指导交通运输综合行政执法工作；完成自治区党委、自治区人民政府交办的其他任务。

厅直属单位包括：自治区交通建设管理局、自治区公路事业发展中心、自治区交通运输综合行政执法局、自治区道路运输发展中心、新疆交通职业技术学院。厅机关内设13个处室，另设机关党委、离退休干部工作处、交通运输工会及8个未设党委事业单位。所属副厅级单位3个、县（处）级单位70个、科级单位177个。共有党组织723个（党委76个、党支部（总支）647个），党员10180名。现有人员12240人。离退休干部职工1.5万人。行业指导全区地县两级交通运输局和新疆交通投资（集团）有限责任公司。

截至2021年底，全区公路路网总里程21.73万公里（含兵团），其中高速（一级）公路总里程9464公里，全疆所有地（州、市）迈入高速公路时代；所有县（市、区）全部实现通二级以上公路，其中91个实现通高速（一级）公路；口岸公路技术状况全面改善，13个已开通的陆地边境口岸中6个已实现通高速（一级）公路；所有乡镇和具备条件的建制村100%实现了通硬化路、通客车。

截至目前，全区交通运输行业共建成全国文明单位和创建全国精神文明建设工作先进单位10个，全国交通文明行业和全国交通运输行业文化建设示范单位11个，自治区级文明单位111个，建成各级青年文明号122个，涌现省部级以上劳模、先进工作者52个。